Localizado ao lado do Orquidário, o Meliponário está aberto à visitação do público. O projeto é uma iniciativa do Laboratório de Fitossanidade do JBRJ com patrocínio da Brasil Kirin e conta com 21 colméias com as espécies Jataí, Mandaçaia, Mirim, Iraí e Guaraipo, todas com ocorrência natural no Rio de Janeiro.